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Beaucoup de botanistes considèrent que la systématique est synonyme de taxonomie. Au 19ème siècle, la taxonomie était définie comme “l’application des lois générales de la classification au règne végétal ” (Richard, 1828) ou comme “la partie de la botanique qui traite de la classification ” (Le Maout, 1846). La classification est pour ce dernier auteur “la distribution méthodique des plantes en différents groupes, nommés classes, familles, genres, espèces ”.

Plus récemment, pour Cronquist (1991), la taxonomie est :
 soit l’ensemble des études ayant pour objectif la création d’un système de classification d’organismes afin de refléter au mieux leurs similitudes et leurs différences,
 soit la classification elle-même.

Pour Barroso (1978), la taxonomie consisterait à l’élaboration des règles de la classification. Daniel Pajaud (1990) considère que le terme taxinomie devrait être préféré à celui de taxonomie. En effet, les auteurs du mot taxonomie auraient utilisé, par erreur, le terme taxos qui signifie en grec "if" (Taxus baccata) au lieu de taxis qui signifie "arrangement" en grec. Ceruti (1980) pense que les deux termes taxonomie et systématique sont identiques ; c’est d’ailleurs le sens de la définition de Cronquist donnée ci-dessus où la taxonomie est constituée non seulement des règles et des études mais aussi de la classification elle-même.