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Les Gymnospermes sont des plantes à graines (Spermaphytes). L’ovule n’est pas inclus dans un carpelle (organe caractéristique des Angiospermes) : il est nu et porté par une écaille (mégasporophylle).
Selon Chaw et al. (2000), les Gymnospermes actuelles sont probablement monophylétiques et les Gnetales ne sont pas le clade-frère des Angiospermes.
Les Angiospermes seraient sans doute apparues au Jurassique à partir d’un groupe de plantes fossiles telles que les Bennetitales ou les Caytoniales.
les Cycadales (Cycas, Zamia) sont les Gymnospermes basales,
les Ginkgoales sont le clade-frère du clade comprenant les Conifères et les Gnetales,
les Gnetales (Ephedra, Gnetum, Welwitschia) sont monophylétiques et nichés au sein des Conifères,
les Gnetales sont le clade-frère des Pinaceae.