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Les caractères traditionnels permettant de séparer les Dicotylédones et les Monocotylédones ne sont pas respectés pour certaines espèces, en particulier, chez celles appartenant aux Nymphaeidae et aux Magnoliidae.

Selon des analyses récentes de cladistique sur les séquences de différents gènes, les Dicotylédones ne sont pas monophylétiques, à l’inverse des Monocotylédones.

Il convient donc de séparer les Angisopermes selon les groupes suivants :
- Les Angiospermes basales comprenant le grade des Nymphaeidées (Nymphaeidae) et le clade des Magnoliidées (Magnoliidae) dont de nombreux caractères sont ancestraux ;
- Les Monocotylédones (Monocots) ou classe des Liliopsida (clade) restent inchangées et s’intercalent entre les Angiospermes basales et les Magnoliidées et les Eudicotylédones basales ;
- Les Eudicotylédones basales (grade) dont de nombreux caractères sont plésiomorphiques (primitifs ou basaux) par rapport aux clades suivantes ;
- Les Eudicotylédones centrales (Core Eudicots), grade comprenant les Eudicotylédones centrales basales (grade) avec les Caryophyllidées, le grade des Rosidées (Rosids), le clade des Astéridées (Asterids) qui partagent de nombreux caractères morphologiques apomorphiques (dérivés).
Les principaux caractères des Angiospermes basales sont le pollen uniaperturé ou de type dérivé, les pièces florales à disposition spiralée, non différenciées en calice et corolle, un gynécée apocarpe, des ovules ordinairement crassinucellés et bitéguminés, des étamines à filet souvent peu différencié et la production d’alcaloïdes.