Les mitochondries sont des organites présents dans toutes les cellules eucaryotes. Elles ont une forme cylindrique de 0,5 microns de diamètre et quelques microns de longueur. Elles se divisent comme les bactéries et contiennent leur propre information génétique sous forme d’ADN. Elles sont constituées d’une double membrane : une membrane externe et une interne délimitant un espace intérieur appelé stroma. La membrane interne est repliée en crêtes mitochondriales. 
Les mitochondries contiennent un grand nombre d’enzymes intervenant dans la respiration cellulaire et la production de l’énergie de la cellule.
L’appareil de Golgi
L’appareil de Golgi, organite des cellules eucaryotes, est constitué d’un empilement de saccules (petits sacs) aplatis. Il a une fonction de sécrétion et d’isolement de substances nécessaires à la cellule mais qui seraient toxiques si elles n’étaient pas isolées des autres compartiments. 
Le réticulum endoplasmique
Le réticulum endoplasmique est présent chez les Eucaryotes. Il produit des protéines et des glucides et élabore les membranes des nouvelles cellules au moment des divisions. Dans les cellules peu actives, il est réduit ; dans celles où les synthèses de protéines sont importantes, il est très développé. Il s’étend alors dans tout le cytoplasme comme un labyrinthe et permet une communication entre les membranes nucléaire et cytoplasmique. Il joue un rôle dans les échanges entre cellules. 
Vue d’ensemble du cytoplasme et de ses inclusions
Le cytoplasme est délimité par la membrane plasmique. Il renferme : le cytosol (milieu semi liquide dans lequel baignent les organites), le cytosquelette (réseau fibreux) et différentes inclusions : réticulum endoplasmique, appareil de Golgi, mitochondries et chloroplastes, lysosomes, peroxysomes, ribosomes, vacuoles… 
Le noyau contient une partie du patrimoine génétique
Le noyau des cellules eucaryotes est entouré d’une enveloppe nucléaire percée de pores permettant le transport de substances entre le noyau et le cytoplasme. Il contient un ou plusieurs nucléoles et un amas diffus de chromosomes appelé chromatine. Les centrioles sont des organites cylindriques et creux, de 0,2 microns de largeur et de 0,4 microns de longueur. Ils jouent un rôle important dans la division cellulaire. Discrets dans les cellules animales, ils sont généralement absents des cellules végétales sauf chez les végétaux inférieurs : Fougères et plantes alliées, Cycas et Ginkgo. 
Le noyau est le siège du patrimoine génétique, il contient en effet plus de 95% de l’ADN cellulaire, le reste étant situé dans les chloroplastes et les mitochondries. Ces deux organites sont considérés comme des bactéries endosymbiotiques.